Diferentes aplicaciones y diferentes necesidades.
Una de las primordiales razones de escoger mal el servicio de alojamiento web, es el hecho de ignorar la diferencia entre una web “estática”, compuesta por una compilación de páginas HTML muy simples con un contenido fijo (simples archivos con extensión .htm o bien html, apenas cambia su contenido en el tiempo) y una web “dinámica” creada con un lenguaje de programación (típicamente PHP) cuyo contenido cambia de manera contínua, y lo que ello implica para la adecuada elección del alojamiento.
Ejemplos propios de aplicaciones activas son los foros, las wikis como la Wikipedia o bien un weblog WP o bien una tienda online creada con herramientas como Prestashop o bien Magento.

Todas y cada una estas herramientas están hechas en PHP y presentan exactamente el mismo inconveniente de cara al hosting: acostumbran a emplear base de datos para guardar la información activa y esto, así como la ejecución de PHP las hace considerablemente más exigentes para el servidor.

En una simple web estática, cuando los usuarios navegan por ella, toda vez que entran en una página sencillamente se están bajando el pertinente archivo HTML, un proceso parcialmente “ligero” para el servidor. En cambio, en una web activa, basada en PHP, como un weblog WP, toda vez que entran en una página tiene sitio un proceso que produce esa página “sobre la marcha”.

Por lo tanto, como se explica en detalle en este blog post, un servidor que puede atender a muchos usuarios con una web estática se puede venir rápidamente abajo si lo que se aloja es una aplicación web como WP. Este es uno de los fallos más habituales, que cometen los usuarios al contratar un distribuidor de hosting: contratar un servicio baratísimo, absolutamente infradimensionado para sus necesidades.
Conforme la aplicación, hay que seleccionar el sistema operativo conveniente para tu servidor.
En este punto muchos distribuidores como http://www.mialojamientoweb.com/ te dejan escoger entre Linux y Windows.
Para la mayor parte de los usuarios, Linux será la opción mejor. Se considera como el mejor sistema operativo para servidores web y está muy probado. A fin de que te hagas una idea, la Wikipedia, por servirnos de un ejemplo, está montada sobre un sistema de esta clase.
Si tienes pretensión de instalar aplicaciones web que emplean PHP, Perl, Python, de usar bases de datos MySQL como WordPress o bien Joomla, Linux es la opción natural.
La razón de seleccionar Windows va a ser que desees instalar aplicaciones basadas en tecnología Microsoft como ASP.NET y bases de datos SQL Server. En un caso así, en un servidor Linux sencillamente no se podrían ejecutar.